In diesen politisch unruhigen Jahren waren Streiks, Demonstrationen, Aufstände an der Tagesordnung. Bediuzzamans spontane massenbewegende Reden gegen gewalttätige Ausschreitungen verhinderten Chaos und Anarchie. Wegen seinem großen Einfluss fürchteten und respektierten ihn die politisch Mächtigen. Jede Partei wollte ihn für sich und ihre Sache gewinnen. Said Nursi hatte eine ungeheure Ausstrahlung. Die Menschen in seiner Umgebung konnten sich ihm und seinen Worten nicht entziehen. Seine Gegner, die ihn hassten und vernichten wollten, waren nach einer Begegnung und einem Gespräch mit ihm nicht mehr in der Lage ihre Feindseligkeit aufrechtzuerhalten.

In Folge des Aufstandes am 31. März 1909 wurde Said Nursi wegen der Anklage des Anstiftens zum Aufruhr vors Kriegsgericht gestellt, obwohl es ihm und seiner außerordentlichen Führung zu verdanken war, dass der Aufruhr kein größeres Ausmaß annahm. Der Aufstand, als Unmutsbekundung aus den verschiedensten Anlässen heraus, brachte die religiösen Leute als mutmaßliche Drahtzieher ins Kreuzfeuer der Kritik. Nachdem Said Nursi an der Schwelle zum Galgen in seiner Verteidigungsrede in scharfer Sprache seinen Standpunkt zur herrschenden Situation und zur Scheria klargestellt hatte, wurde er freigesprochen.

Auf die Anklage des Vorsitzenden des Kriegsgerichts, Hurschit Pascha: 

„Du hast auch die Scheria haben wollen. Die, die das wollen - so enden sie." Dabei zeigte er aus dem Fenster auf die 15 gehängten Leute, die zuvor abgeurteilt wurden. 

gab Said Nursi neben anderem zur Antwort:

Im weiteren zählte er seinen nachweisbaren Beitrag zur Deeskalation auf, prangerte in hartem Ton die desolaten Verhältnisse an, wobei er sagte:

„Manche Leute politisieren ihren Atheismus. Ihr Atheismus ist Mittel zum Zweck andere mit Rückständigkeit und Politisierung der Religion zu bezichtigen."

Als Said Nursi daraufhin freigesprochen wurde, verließ er ohne sich beim Gericht zu bedanken, das Gebäude mit dem Ruf: „Es lebe für die Tyrannen die Hölle!" Ein Demonstrationszug von vielen Menschen begleitete ihn nachfolgend eine weite Strecke bis Sultan Ahmed.

Später sagte Said Nursi einmal im Zusammenhang mit zwei weiteren Kriegsherren, die Tötungsabsichten ihm gegenüber hegten: „Dass sie mir nichts antun konnten, war durch das Wunder des Korans."

Said Nursi kehrte nach Ostanatolien zurück. Unterwegs nach Van, begleitet von zwei seiner Studenten, machte er einen Abstecher nach Tiflis, wo es zu folgendem interessanten Gespräch kam.

Said Nursi beobachtete vom Scheych Sanan Hügel, von dem man die ganze Gegend überblicken konnte, sehr aufmerksam die Stadt Tiflis. Da näherte sich ihm ein russischer Polizist und fragte:

„Auf was schaust du denn so?"

Said Nursi: „Ich mache Pläne für meine Medrese."

Polizist: „Von wo kommst du?"

Said Nursi: „Ich bin aus Bitlis."

Polizist: „Aber hier ist Tiflis."

Said Nursi: „Tiflis ist die Schwester von Bitlis."

Polizist: „Was heißt das?"

Said Nursi: „Die islamische Welt wird hintereinander drei große Entwicklungen erfahren und hier bei euch wird es drei große Perioden der Unterdrückung und Tyrannei geben. Dann wird dieses System zusammenstürzen und sich zurückziehen. Dann werde ich kommen und meine Medrese bauen."

Polizist: „Ha, ich lache über deinen Verstand."

Said Nursi: „Ich lache über deinen Verstand. Kannst du dir etwa vorstellen, dass dieser Winter ewig anhält. Nach jedem Winter folgt eine Zeit des Aufblühens. Und auf jede Nacht folgt ein Tag."

Polizist: „Der Islam ist zerfallen."

Said Nursi: „Sie sind zum Studieren gegangen.

Indien ist ein begabtes Kind des Islam und geht in das Gymnasium in England.

Ägypten, ein intelligentes Kind des Islam, studiert auf der politischen Fakultät Englands.

Kaukasien und Turkmenistan u. a. sind  tapfere Söhne des Islam und besuchen die Militärschule Russlands usw.  

Sie werden sich zusammen reißen und wieder den Weg des Islam finden ...."

(Anmerkung: In einer Zeit, Jahrzehnte vor dem Eintreffen, hat Said Nursi bevorstehende Umwälzungen und Ereignisse des Weltgeschehens in dieser Weise vorausgesagt.)